При заходе через ФТП в аккаунт, список отображаемых файлов содержал только 1998 файлов и папок, хотя там было на много больше. В pure-ftpd по умолчанию через параметр LimitRecursion прописано отображать только 1998.
Увеличить его можно через файл /etc/pure-ftpd.conf, например, так:
LimitRecursion 5000