В шаблоне пользователя Cpanel есть возможность изменить папку главного домена documentroot.
В файле /var/cpanel/userdata/<пользователь>/<домен> новый путь к корневой папке сайта можно установить в переменной documentroot:
После выполненых изменений запустить следующие команды:
/scripts/rebuildhttpdconf
service httpd restart
/scripts/updateuserdatacache --force
Таким образом, файлы основного сайта в Cpanel можно разместить не в папке по умолчанию public_html/, а например в public_html/<домен>/ или от корня пользователя в ~/<домен>/